进化，但一切进化的重点就是毁灭。
而有智商的使徒也会理解这一点进而会选择和超级计算机共生。
此时第二胎计算机被占领距离自爆还有8秒，终于在最后一秒制止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超级计算机也回复了正常。
绫波丽和碇真嗣开始了机体互换实验，在初号机的凌波，同步几率和零号机几乎完全相同。
而碇真嗣有些紧张在同步机地狱平时不过可以接受。
赤木提出傀儡系统可以拿出来了。
实验还在进行碇真嗣脑海中却出现了绫波丽的影子。
紧跟着神经脉冲异常，零号失去控制，最终备用电源耗尽停止了行动。
碇真嗣在医院醒来，头顶上是陌生的天湖北。
阿亮来到了京都，在仓库和来人叹气了关于马尔杜克机关的事情。
马尔杜克是搜寻eva的驾驶员来人表示阿亮的工作是暗中调查nerv。
原来阿亮的身份是双重间谍。
美里在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美说自已自从失去服气那以后就开始在其他人身上寻找影子。
之前和阿亮在一起也是因为这样，感到很对不起她。
阿亮说他被与欧冠拿到钱。
美练说只有是一个只想要利用男人的女人，不配拥有爱情。
明日香一直喜欢阿亮，看到美里晚归，她感觉无聊想找碇真嗣时间。
明日香嘲讽碇真嗣是大小鬼。
第二天就醒来后的美里找到了阿亮。
美里面发现了他的双重间谍蛇粉。
阿亮告诉美里，赤木和父亲也想她尹莽了许多事情。随后带领美里来到地下，发现被顶在十字架上的亚当。
大家开始常规才是，美里发现碇真嗣的错是结果，在三个人中最好，夸奖了他。
明日香有点不爽，此时又一使徒来袭击这次使徒是一个漂浮在空中的球体。
通过接触使徒没有出现at立场。
茨木断定是新型使徒。
初号机抵达现场，明日香建议同步第一的碇真嗣担任先锋，但是真实答应了。
碇真嗣攻击使徒，结果对方小时，然后初号机正下方的地面出现了巨大阴影。
碇真嗣陷了进去。
随后阴影吞没了初号机，此时明日香脚下也出现。
她爬到街上，发现整栋楼都开始陷落。
美里命令俩人退了回来。
随后往外想要拉回机体，如果碇真嗣不操控初号机，就会丢掉生命。
明日香开始嘲讽顶针是火塔不过是测试第一名就开始说。
绫波丽来到明日香面前，她问明日香是不是为了别人的称赞cia会驾驶eva。
明日香说是为了自已。
时间已经过去12个小时，碇真嗣驾驶着初号机眼前一片雪白。
赤木告诉打击，地面的阴影是一个纳米空间内部是at立场，那才是本体。
只有本体被消灭才开始。
此时和eva一起在使徒体内的碇真嗣发现净化能力开始降低开始出现不妙。
顶针不知道该怎么办。
赤木提出强制就出机会就是将现在的地雷全部投放到中心位置。
然后利用其它的俩太eva的at立场，干扰使徒的虚数回路七分之一秒之后在一瞬间将骑爆破。
赤木提到应该以回收eva为关键，不应该管驾驶员。
赤木斥责美里，他们如此看重初号机的理由是什么，eva又到底是什么。
赤木让美里相信自已，并