二号机向着下面陈过去，明日香感觉自已要死了，黄昏中碇真嗣的初号机蜡烛了明日香救出了他。
在据点有三台超级电脑是由三个系统构成，而最终决意的来自三个电脑的民族决定。
零号机开始了第二次运转延长实验，这个时候突然停电备用电源都不行。
美里和阿亮被困在电梯。
美里告诉阿亮，在据点有三个备用的电力系统。
同时断电不可能除非是被人为切断。
碇真嗣一行人来到总部发现刷卡并咩有效果。
有线点阿虎也无法使用而这个时候使徒从海上登录，碇真嗣一行人顺着通风管道朝着地下爬去。
此时碇真嗣命令手下手动做到这个。
明日香责怪碇真嗣偷看自已，随后来人从上面摔下来，正好落在了eva的准备室。
而后来人遭到了使徒攻击，使徒开始直接入侵。
eva只有三分钟了，明日香给大家分工以后明日香自告奋勇担当风语者。
紧跟着凌波跳到了井底，费劲消灭了使徒。
三人来到山下，碇真嗣感叹到如果没有灯火星星会非常明亮。
绫波丽却说人类正是因为害怕黑暗才使用火焰赶走了黑暗从而生存下来。
美里看着自已的伤疤，想起了第二次冲击父亲死亡的事情。
大家都在家里为美里升职举行来庆祝仪式。
而这个时候碇真嗣却在南极由于第二冲击南极完全是另外一幅模样。
就在这个时候竟然在天空中发现形势图，使徒开始攻击，不断的更改攻击位置最终目标是据点。
由于使徒释放了干扰，无法通知。
超级电脑做出的决定是全体撤退。
临时负责人美里西大了撤退命令。
随后找到了碇真嗣等弱
电梯中碇真嗣问明日香为什么要驾驶eva。
明日香回答是为了显示自已的存在。
她反问顶针，碇真嗣却回答不知道。
使徒开始向地面降落，三人驾驶着eva抵达预定地点。
他们使用足底啊的at立场，徒手接下了下落的使徒。
明日香驾驶的二号机用离子刀花开屏幕和碇真嗣一起将使徒击杀。
事后，父亲夸奖了碇真嗣，让他有些吃惊。
他告诉美里，他终于明白了自已为什么要驾驶eva，那就是获得父亲的赞扬和鼓励。
三人开始不借助战斗服直接用很提来进行同步测试。
三个人感觉到和平时测试不同，这个时候零号机出现了暴走。
赤木开始用激光攻击零号机，结果出现了at立场。
原来又一使徒来袭击而这种使徒竟然是细菌形态。
紧接着使徒入侵了据点，他最终目标是引爆据点。
一台主机被污染做出了其他。
使徒开始继续入侵。
赤木紧急下令更改了逻辑模式以15秒为单位，人为降低了超级计算机的运算速度。
想要彻底消灭使徒唯一办法就是同归于尽，随后请求下令销毁超级电脑。
这一提议遭遇到赤木的拒绝，她认为毁灭掉超级计算机就等于毁灭掉据点。
并且决定自已来承担这个责任，她想要利用剩下的唯一电脑来和使徒专选。
随后赤木带着美里来到内部，她告诉美里，据点的计算机是人格一直到，是她母亲开发的系统。
三个系统其实分表代表欧木清作为科学，母亲和女人的三种人格。
超级计算机就是母亲本人，赤木阻止自爆。
她的程序会加速使徒的