主角发现异常气息，进行时空穿梭，进入赛文奥特曼X时空，身份是特工X。
主角开始一边做任务，一边调查，接着虫出现了，主角陷入虫海，最后超频释放光线，将其消灭。
扎基出现，主角再次进入超频，释放全部能量，暂时击退扎基，随后进入遗迹。
主角进入奈克瑟斯世界，身份是孤门一辉，这次是类似于一心同体，进化仪没有反应，相关记忆被抹除了。
主角开局做了体检，接着被调入TLT，加入夜袭队，并接触到异生兽以及奈克瑟斯。
主角接触到石之翼，看到了一些准的记忆，并且使得进化仪慢慢恢复。
黑暗的游戏开始，主角或者说孤门陷入一场阴谋，莉子失踪，最后主角找到并将重伤的莉子收到系统空间。
主角身份暴露，离开了夜袭队，随后战斗中为了保护他人，导致昏迷后被抓。
主角吸收了大量能量，逃出了实验室，接着到达了临终之地，准将光传承给主角，主角变身奈克瑟斯，击败了沟吕木。
主角离开了孤门的身体，前往一个平行世界，遇到了扎基，于是主角再次变成奈克瑟斯，与扎基交手。
主角进入超频，导致身体承受不住，关键时候奇迹出现。
主角进化成诺亚，和扎基战斗，最后将其消灭，吞噬了黑暗力量。
主角回归了最初的世界，和步美一起待了一段时间，随后继续前往新的时空，到达奥特曼八兄弟剧场版世界。
主角告诉大古真相，并融入这个世界，梦比优斯并没有出现，主角只能独自战斗。
主角体内黑暗暴动，和怪兽战斗结束后，被希波利特星人变成石像。
大古重新变成迪迦，接着梦比优斯被传送过来，主角吸收了影法师，配合八位奥特曼消灭了怪兽。
主角又回到梦比优斯世界，见到了奥特之王并接受了特训。
特训一段时间后，感觉安培拉星人的气息，主角结束了特训，奥特之王赠送格斗气息给主角。
主角击杀了两位黑暗天王，接着与安培拉星人交手，主角落败后，黑暗力量浮现，导致直接失控变成黑暗卡利欧，吸收了大量安培拉星人的黑暗。
主角又去戴拿时空，在星光战士剧场版剧情里变成迪迦，和戴拿一起消灭怪兽。
主角去道场帮忙，收徒古雷格尔，随后调查黑暗道场，未知的敌人出现，卡欧斯戴拿也出现了。
小舞决定结婚，主角参加婚礼，卡欧斯戴拿出现，主角进行战斗，最后小舞被抓走。
主角前往高斯世界，和武藏再次重逢，并和被控制的日冕高斯交手，随后主角战败。
高斯将光赠与主角，主角和武藏一起变成月神高斯，接着发现小舞融合了日冕高斯，并与主角交手数次。
卡欧斯病毒吞噬了日冕，内山操控了高斯，卡欧斯融合体出现，主角和武藏竭尽全力战斗，获得新的力量，可以变成日冕高斯。
主角与卡欧斯融合体战斗，日蚀形态登场，最终主角消灭了内山，救下了小舞，不过小舞却失去了记忆。
斯菲亚母体出现，主角回到戴拿时空，接着和神秘的黑衣人出现，并变成戴拿和主角交手。
黑衣人再次融合了高斯和卡欧斯的能量，变成一个新的巨人，接着双方进入到斯菲亚中心，主角将飞鸟送出黑洞，随后和巨人掉入扭曲的时空隧道。
主角到达盖亚时空，不过这次是剧场版的世界，而且变成小孩，接着发现黑衣人用红球许愿，得到安培拉星人力量的卡片，变成新的巨人。
主角变身卡利欧，又融合迪迦和高斯的力量，击败了巨人，并吸收了他的格斗仪，和盖亚一起消灭了怪兽。