军收复长安后，僖宗准备回京，在陈敬瑄和田令孜挑唆下，先前反叛郑畋后又重归朝廷的凤翔节度使李昌言，坚持不让郑畋经过凤翔，郑畋于是辞职。随后，陈敬瑄被授予中书令，封颍川郡王，实封四百户。这时，先前和田令孜关系亲密的杨师立，开始不满田令孜和陈敬瑄对皇帝的控制，听闻陈敬瑄承诺让高仁厚当东川节度使的传言后更为不满。
田令孜知悉杨师立不满，担心兵变，召回朝任位置很高却几乎无所任事的右仆射，杨师立抗命，起兵对抗陈敬瑄。唐僖宗剥夺了杨师立的一切头衔，命高仁厚反击，高仁厚击败杨师立部将郑君雄，兵围东川首府梓州。郑君雄反叛杨师立，杨师立自杀，高仁厚占领东川，东川平定后，皇帝启程离开成都，返回长安，陈敬瑄送驾直至汉州。
唐僖宗回京后，田令孜继续控制朝政，让陈敬瑄不仅有权监督西川，还监督东川、山南西道和三峡地区。田令孜在河中盐池的控制权问题上和河中节度使王重荣发生争执，他想调走王重荣，被王重荣拒绝。随后，王重荣联合盟友河东节度使李克用和田令孜所部及其盟友静难节度使朱玫、凤翔节度使李昌符交兵，田令孜一方大败，田挟持僖宗弃长安逃奔兴元。
随后朱玫和李昌符也反叛僖宗，朱玫甚至另立襄王李煴为帝，由于自己和王重荣的冲突激起了公愤，田令孜自知无法继续擅权，辞去神策军护军中尉一职，自任西川监军，以求投靠陈敬瑄。接替他的杨复恭，则和王重荣、李克用和解，朱玫和李煴被杀，唐僖宗也回到长安。陈敬瑄怀疑高仁厚会反对自己，正逢时任遂州刺史的郑君雄反叛，占领汉州，攻打成都。陈敬瑄命部将李顺之迎战，杀了郑君雄，陈敬瑄又调兵遣将奇袭高仁厚，将他也杀害了。但他已不能控制东川，因为僖宗随后任神策军将领顾彦朗为新任东川节度使，陈敬瑄也未作抗拒。
回京的僖宗下诏剥夺田令孜的一切头衔，流放端州，但由于田令孜正在陈敬瑄庇护下，诏令沦为一纸空文。陈敬瑄觉察到顾彦朗和前神策军军官王建，可能联手对付他，王建原为田令孜义子，此时擅自占据阆州。田令孜建议召王建来成都为陈敬瑄效力，陈敬瑄同意了。田令孜便写信召回王建，王建把家属留在梓州顾彦朗身边，前往成都。但当王建到鹿头关时，陈敬瑄的幕僚李乂警告他要小心王建，陈敬瑄后悔了，想阻止王建，王建却不顾阻拦，直奔成都，于路击败陈敬瑄所部。他攻占汉州，将其交给顾彦朗之弟顾彦晖，又和顾彦朗进攻成都，未能攻克。僖宗派宦官调停，但陈敬瑄和王建都不接受。据记载，此次王建讨伐陈敬瑄对西川十二州都造成了大损，西川向朝廷纳贡的道路就此断绝。
唐僖宗驾崩，其弟长期讨厌田令孜的唐昭宗继位。王建仍然不能攻克成都，便上表昭宗，请求朝廷新派西川节度使，愿为新节度使效力。顾彦朗也作了类似上表，昭宗任宰相韦昭度为西川节度使，并下诏召陈敬瑄回京任神策军左龙武统军。陈敬瑄不但抗命，还准备向韦昭度开战，昭宗因此剥夺了陈敬瑄的一切头衔。一说当时在西川真正说了算的其实是田令孜，一切重要决策均出自他手。昭宗任韦昭度为西川行营招讨制置使，作为讨伐陈敬瑄的主帅，由山南西道节度使杨守亮、顾彦朗、王建协助，并从西川划出四州设立永平军，任王建为永平军节度使。
王建开始包围邛州，想把它作为自己的根据地，陈敬瑄采取的一切试图解邛州之围的措施都被王建挫败。邛州被王建攻克，王建让张琳留守，自己仍回成都继续围城，为了筹集军费，陈敬瑄大增税赋，残酷惩罚富人，百姓为之所苦。
韦昭度未能攻克成都，官军又新败于李克用，唐昭宗决定停止西川战事，恢复陈敬瑄的官爵，召回韦昭度，命顾彦朗和王建各归本镇。这时，被围的成都已经闹饥荒到了人相食的地步，王建不愿就此放弃，