吐蕃偷袭京都，唐代宗移驾陕州避乱，郭子仪举荐太子宾客第五琦为粮料使，兼御史大夫、关内元帅副使，后被郭子仪命令暂理京兆尹。第五琦又被加封户部侍郎判度支，兼任铸钱、盐铁、转运、常平等使，积功加封为扶风郡公。
第五琦上奏请求停止租庸使一切事务，只需派遣判官一人和巡官二人催收租庸，代宗听从了第五琦的建议。京畿地区麦子成熟，京兆尹第五琦请求代宗征收百姓田税，每十亩田收取一亩田作为租税，说：“这是古时候的什一之法。”唐代宗表示许可。代宗任命户部尚书刘晏为都畿道、河南道、淮南道、江南道、湖南道、荆南道、山南东道转运使、常平使、铸钱使、盐铁使等，户部侍郎第五琦为京畿道、关内道、河东道、剑南道、山南西道转运使等职务，分别管理国家的财政赋税。由于第五琦实行什一税法，民众受苦于税负繁重，许多人因此流亡他乡，代宗大赦天下，改年号为大历，什一税法全部停用。
宰相元载、王缙及左仆射裴冕、户部侍郎判度支第五琦、京兆尹黎干奉代宗的命令各出钱三十万，在郭子仪的府邸设宴款待郭子仪。内侍鱼朝恩也参加了这场宴会，鱼朝恩出锦三十段、采罗五十匹、采绫一百匹作为郭子仪的缠头费用。由于缠头非常多，这场宴会在极其尽兴的气氛中结束。由于第五琦和鱼朝恩关系密切，受株连贬为括州刺史，后来历任饶州刺史、湖州刺史。
唐德宗久闻第五琦的才干，打算再用第五琦，便下诏书召第五琦回京，不料第五琦却在长安亲仁里病逝，享年七十一岁，追赠他为太子少保，迁葬于高阳原的先人坟茔。
史事讲将2隋唐五代三月天