而曹变蛟和孔有德则已经开始着手处理战后的各项事宜。尽管曹、吴、孔三人都是游击将军，级别相当于准参将，但他们的实际地位还是有所区别的。其中，曹变蛟跟随崇祯皇帝的时间最早，也是最受宠爱的。因此，在战后的事务分配中，他承担了更多重要的任务。 曹变蛟负责接管官署和军器局，这两个地方对于军队的管理和装备供应至关重要。此外，原本应由文官负责的《安民告示》，也交由他来张贴。他还特别组织了一支五百人的军法队，专门负责维持街面的秩序。一旦发现吴军中有士兵犯下奸淫掳掠妇孺等恶劣行为，军法队会毫不犹豫地当街将其处以极刑，以儆效尤。这一举措使得整个三军都为之悚然，军纪得到了极大的整顿。 相比之下，孔有德的任务则相对单一一些。他主要负责修复西城坍塌的城墙，并增设炮台，以加强防御，防止可能出现的建奴反扑。